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À primeira vista Cody Banks (Frankie Muniz) é um adolescente comum, que odeia matemática, adora andar de skate e tem problemas para se aproximar de garotas. Porém ele na verdade é um agente mirim da CIA, tendo que realizar arriscadas missões em nome da segurança nacional. Numa delas Banks precisa se aproximar de Natalie (Hilary Duff), uma estudante que é filha do Dr. Connors (Martin Donovan), um cientista que está desenvolvendo uma perigosa arma de destruição para uma organização terrorista.